Już w średniowieczu miejscowe lasy, będące pierwotnie domeną władców, zaczęły przechodzić w ręce feudalnych właścicieli ziemskich oraz królewskich miast. Tym sposobem rozległe Bory Dolnośląskie zostały podzielone na rozmaite puszcze. Tak oto lasy rozciągające się pomiędzy rzekami Nysa Łużycka i Czerna Wielka otrzymały nazwę Puszczy Zgorzeleckiej (30 tys. ha), gdyż w latach 1491-1499 miasto Zgorzelec stało się ich właścicielem (Zgorzelec kupił miejscowe lasy od rodu von Penzig z Pieńska i króla czeskiego Władysława Jagiellończyka). Północnym sąsiadem Puszczy Zgorzeleckiej jest Puszcza Żagańska (23,5 tys. ha), obejmująca szeroki pas lasów od Nysy Łużyckiej po Kwisę. W XIX i w I połowie XX w. posiadaczem tej olbrzymiej puszczy był stary arystokratyczny ród francuski de Talleyrand-Périgord. Centralną część Borów Dolnośląskich zajmuje Puszcza Osiecznicko-Kliczkowska (23,6 tys. ha), która rozciąga się od Czernej Wielkiej do Bobru. Osią hydrograficzną tej puszczy jest rzeka Kwisa, rozdzielająca dwie historyczne krainy – Łużyce i Śląsk. W latach 1764-1945 to wielkie latyfundium leśne stanowiło własność książęcej rodziny zu Solms-Baruth. Nad dolną Kwisą i Bobrem położone są dwie puszcze: Puszcza Małomicka (7 tys. ha) oraz Puszcza Szprotawska (7 tys. ha). Miasto Szprotawa już w latach 1304-1406 nabyło lasy leżące po obydwu stronach rzeki Bóbr. Wschodnia część Borów Dolnośląskich, obejmująca lasy na prawym brzegu Bobru, dzieli się na trzy duże puszcze i kilka pomniejszych. Na wyróżnienie zasługują: Puszcza Przemkowska (10 tys. ha) wraz z Puszczą Chocianowską (6 tys. ha), które obecnie administrowane są przez nadleśnictwa Przemków i Chocianów, oraz Puszcza Bolesławiecka (9,5 tys. ha). Puszcza Przemkowska w latach 1853-1931 była w rękach książąt Schleswig-Holstein-Augustenburg, którzy zasłynęli osuszeniem Bagien Przemkowskich i stworzeniem kompleksu stawów rybnych w dolinie Szprotawy (Stawy Przemkowskie). 15 sierpnia 1904 r. na terenie Puszczy Przemkowskiej wybuchł największy w historii pożar w Borach Dolnośląskich (spłonęło 4560 ha lasu). Puszcza Bolesławiecka, obejmująca lasy wokół Gromadki i Wierzbowej, znajdowała się w latach 1594-1945 w posiadaniu miasta Bolesławiec. Do tego miasta należała także niewielka partia Borów Dolnośląskich, obejmująca lasy leżące pomiędzy Kwisą a Bobrem (w pobliżu miejscowości Osieczów i Dobra).
W dawnych wiekach użytkowanie miejscowych lasów oparte było na gospodarce plądrowniczej. Jeszcze u progu czasów nowożytnych ważnymi gałęziami miejscowej gospodarki leśnej było węglarstwo, smolarstwo oraz bartnictwo. Nawiasem mówiąc najstarsza, umieszczona pod rokiem 1015 w kronice Thietmara wzmianka o bartnikach na ziemiach polskich dotyczy właśnie Borów Dolnośląskich. Ostatecznie bartnictwo zlikwidowano tu w XVIII w., gdyż hodowcy leśnych pszczół przyczyniali się do powstawania pożarów. Na XVIII stulecie przypadła również organizacja gospodarki leśnej. Pierwszych pomiarów i taksacji w Borach Dolnośląskich zaczęto dokonywać w I połowie XVIII w. System zrębów zupełnych i sztucznych odnowień upowszechnił się w połowie XIX w. Długie lata trwało uwalnianie się miejscowych lasów od serwitutów. Na przykład w Puszczy Osiecznicko-Kliczkowskiej zlikwidowano serwituty w 1841 r., w Puszczy Żagańskiej – w 1854 r., a w Puszczy Szprotawskiej – w 1855 r.
W minionych wiekach Bory Dolnośląskie były łowiskiem wielu koronowanych głów, książąt i ważnych osobistości. W miejscowych kniejach polowali m.in. Zygmunt I Stary, Maksymilian II Habsburg i Wilhelm II Hohenzollern. Ostatni cesarz Niemiec wielokrotnie polował tu na głuszce i zwierzynę grubą, goszcząc głównie w Kliczkowie i Przemkowie.
Po II wojnie światowej Bory Dolnośląskie przeszły na własność państwa polskiego. W latach 40. i 50. minionego wieku Bory Dolnośląskie były ciężko doświadczane przez gradacje owadów, huragany i pożary. W latach 1945-1958 pożary lasów objęły powierzchnię aż 24 tys. ha. W okresie powojennym tutejsze lasy były zarządzane przez wiele niewielkich pod względem powierzchniowym nadleśnictw. Jeszcze w połowie lat 60. XX w. funkcjonowało tu 17 nadleśnictw. Obecnie obszar Borów Dolnośląskich podzielony jest pomiędzy dwie regionalnie dyrekcje Lasów Państwowych – we Wrocławiu i w Zielonej Górze. W granicach Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych we Wrocławiu gospodaruje 8 nadleśnictw: Bolesławiec, Chocianów, Pieńsk, Przemków, Ruszów, Świętoszów, Węgliniec i częściowo Złotoryja. Północno-zachodni fragment Borów Dolnośląskich, wchodzący w skład Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Zielonej Górze, administrowany jest przez 4 nadleśnictwa (Szprotawa, Wymiarki, Żagań i Lipinki). Zdecydowana większość obecnych drzewostanów pochodzi ze sztucznych nasadzeń. Na siedliskach borowych prowadzona jest gospodarka zrębowa. Na żyźniejszych siedliskach stosuje się rębnię gniazdową. W Borach Dolnośląskich wyznaczone są drzewostany nasienne sosny, modrzewia, dębu, buka i lipy. Dzięki ich obecności nadleśnictwa dysponują własnym materiałem siewnym i produkują sadzonki w szkółkach leśnych. Realizując wytyczne leśnej polityki państwa, leśnicy kładą w Borach Dolnośląskich duży nacisk na stopniową przebudowę drzewostanów w celu ograniczenia dominacji sosny. Zakładanie upraw wielogatunkowych ma zagwarantować w przyszłości dużą odporność i różnorodność przyszłych drzewostanów. We wszystkich nadleśnictwach realizowany jest program małej retencji wodnej.